Luego de meses de incertidumbre, se confirmó que el delantero mexicano, regresará al Toluca, a pesar de tener un año de contrato con Chivas. Decidió no renovar su vínculo con el equipo rojiblanco, rechazó una oferta para jugar con Cruz Azul y a dos semanas de que termine el mercado de fichajes de invierno aceptó volver al equipo que lo vio nacer como futbolista profesional.
Alexis debutó con Toluca en 2016, en su primera etapa con los choriceros, Vega jugó 75 partidos y marcó 15 goles, antes de ser vendido a Chivas en 2019 donde tuvo participación en 147 encuentros y anotó un total de 28 tantos. Durante el último torneo con El Rebaño, Vega solo tuvo actividad en ocho encuentros y solamente marcó un tanto bajo las órdenes del entrenador serbio Veljko Paunovic.
