El Tren Maya enfrenta un panorama financiero adverso y un proceso legal por presunto daño ambiental, luego de registrar pérdidas diarias por 9.9 millones de pesos durante 2025, lo que suma más de 3 mil 649 millones en números rojos. A pesar del incremento en ingresos por transporte, estos no han sido suficientes para cubrir los costos operativos, que se han elevado de manera significativa en el último año.
El desequilibrio financiero se atribuye principalmente al aumento en gastos de operación y mantenimiento, ingresos limitados frente al crecimiento del gasto y la dependencia de subsidios públicos para sostener el proyecto. Además, se reporta una alta concentración de usuarios locales, con menor presencia de turistas internacionales, lo que impacta directamente en la rentabilidad del sistema ferroviario.
En el ámbito legal, el proyecto enfrenta una demanda colectiva por 572 millones de pesos por presunto daño ecológico, promovida por organizaciones civiles que señalan afectaciones a ecosistemas como selvas y cenotes. Hasta el momento, las autoridades no han presentado un plan detallado de remediación, mientras el desarrollo del proyecto continúa bajo escrutinio por sus implicaciones económicas y ambientales.